El 17 de octubre de 1964 la hacienda de San Blas fue acondicionada e inaugurada como museo, siendo el primero del estado en ser inaugurado formalmente. Para ese fin se recuperó la decoración original de la hacienda, y se ocuparon los espacios de la misma como la capilla, panadería, caballerizas, baños, molinos e incluso un pasadizo para llegar a la capilla.

El Museo cuenta con un pequeño acervo documental conformado por donaciones y adquisciones, destacando la sección colonial que consta de juicios a miembros del Ejército Insurgente de la región de Aguascalientes entre 1811 a 1816.