El fondo del Movimiento Cristero se creó en la década de los 1980 y principios de 1990, cuando Alfredo Hernández Quesada, sobrino del Capitán cristero Efrén Quesada Ibarra, comenzó a interesarse en el tema, por lo que pronto contactó a algunos de los sobrevivientes de dicho periodo para realizarles entrevistas videograbadas. Conforme conoció a dichos personajes de la época y estos le hacían obsequios o donaciones de reliquias u objetos de todo tipo, surgió la idea de crear el Museo Cristero en la ciudad de Encarnación de Díaz de Díaz, Jalisco.
De esta manera, el fondo se conformó por cuatro principales donaciones, las de los archivos de Efrén Quesada, Heriberto Navarrete, Luis Rivero del Val, José Gutiérrez Gutiérrez, además del que fue conformando el propio Hernández Quesada a la creación del Museo.
Fue en el año de 2003 cuando el Instituto Cultural de Aguascalientes adquirió este fondo a través de una compraventa con el objetivo que traer el Museo Cristero a este estado. El Museo mantuvo abiertas sus puertas de 2003 a _____, tras de lo cual las piezas estuvieron resguardadas en el Archivo General de la Institución. En 2019, con la creación del Taller de Conservación y Restauración del Patrimonio Mueble de Aguascalientes, el fondo fue trasladado para poder ser preservar dentro de bóvedas climatizadas.