El 17 de octubre de 1964 la hacienda de San Blas fue acondicionada e inaugurada como museo, siendo el primero del estado en ser inaugurado formalmente. Para ese fin se recuperó la decoración original de la hacienda, y se ocuparon los espacios de la misma como la capilla, panadería, caballerizas, baños, molinos e incluso un pasadizo para llegar a la capilla.

El Museo cuenta con un pequeño acervo documental conformado por donaciones y adquisciones, destacando la sección colonial que consta de juicios a miembros del Ejército Insurgente de la región de Aguascalientes entre 1811 a 1816.

Se trata de una colección relacionada con el Movimiento Cristero de México (1926-1929), específico el desarrollado en la región de los Altos de Jalisco, aunque se puede encontrar documentación de otras áreas como Nayarit, Zacatecas, Aguascalientes y Michoacán. Asimismo, existe documentación relacionada con la Guardia Nacional Cristera, conformada por veteranos del movimiento en la década de los 60, así como del Museo Cristero en Encarnación de Díaz, Jalisco.
Este fondo se encuentra constituido por siete secciones: 1) Documental, 2) Fotográfica, 3) Videoteca, 4) Fonoteca, 5) Biblioteca, 6) Hemeroteca y 7) Objetos y reliquias. Esta división permite que el fondo pueda tener una adecuada conservación conforme los diferentes soportes en los que se encuentran los documentos.

Fondo personal del músico mexicano, reconocido por melodías que marcaron el ámbito cultural no solo del país sino internacionalmente, entre ellas la famosa Estrellita. Se encuentra conformado por las secciones Documental, Fotográfica, Biblioteca y Objetos personales y muebles con un total de 1497 piezas.
La primera de ellas consta de 454 documentos con fechas extremas de 1899 hasta 1984, que a su vez se encuentran divididos en las siguientes series: Carteles, Cuadernos, Concurso Internacional de Guitarra Clásica, Dibujos, Diplomas, Discos Ángel, Documentos personales, Documentos de María Refugio Ponce, Folletos, Invitaciones, Partituras (con sus sub-series de Partituras de Cuquita y las de Manuel M. Ponce) y Recortes.
La sección Fotográfica contiene 3 álbumes, 20 fotografías sueltas y otras que se hallan enmarcadas, dando un total de 684 piezas. En cuanto a la temática de estas, cabe resaltar que se tratan de un fiel reflejo del ámbito artístico de principios del siglo XX.
La sección de Biblioteca tiene un repertorio de 178 libros, en el que el ejemplar más antiguo es del año 1818 y el más reciente de 1982, mientras que la sección de Hemeroteca está integrada por 54 ejemplares de revistas. Por último, La sección contiene 127 objetos dentro de los cuales hay dos subseries: objetos personales (110) y muebles (17). En la primera de esta se encuentran algunas pertenencias tanto de él como de su esposa Clema. Mientras que sobre los muebles se cuenta con sillas, un sillón, una mecedora, un escritorio, un carro de servicio, mesas, entre otros.

Fondo personal del dramaturgo y guionista de cine mexicano Hugo Argüelles Cano, dentro del cual se encuentran tanto borradores de guiones cinematográficos y obras teatrales. También resalta la extensa colección de fotografías de los montajes de sus obras y de filmaciones.

Este fondo contiene el acervo documental del Museo Ferrocarrilero, así como colecciones familiares donadas por particulares relacionadas. Contiene manuales e instructivos de capacitación ferrocarrilera, libros, revistas, credenciales de trabajadores, planos, diagramas del ferrocarril y fotografías.

El Fondo Ernesto Lemoine Villicaña se compone principalmente por Documentación del periodo de la Guerra de Independencia (1810-1821) trasncrita en su mayoría de manera mecanuscrita a partir de diferentes fondos del Archivo General de la Nación, principalmente los de Operaciones de Guerra y Confidencias, ya que gran parte de la misma la utilizó para confeccionar el borrador del libro "La última expedición de Morelos" (ICA, 2015), borrador que también se resguarda junto a las fchas de trabajo.

El Fondo Enrique Bostelmann está conformado principalmente por documentación, libros, álbumes familiares y música en diferentes soportes recopilados por Enrique y Yeyette Bostelmann entre 1940 y 2010. La documentación está compuesta por diferentes tipos de trabajos publicitarios realizados por Enrique Bostelmann a varias marcas de alimentos y bebidas que abarcan desde etiquetas, embalajes y carteles; La biblioteca la conforman desde una amplia selección de títulos de arte y fotografía así como catálogos y publicaciones del trabajo artístico de Bostelmann; Por su parte la fonoteca contiene más de 2000 recopilatorios en CDs y Cassettes de diferentes géneros musicales; Finalmente la fototeca la componen tanto algunos álbumes familiares de la familia de Enrique y Yeyette además de una selección de negativos para impresión de libros.

El Fondo de la Comunidad Indígena de Monte Grande de Sierra Fría está formado por la documentación que da noticia de la historia de más de 200 años de lucha por el uso de la tierra de una comunidad que hoy día es reconocida a nivel nacional por sus efuerzos en la protección forestal, la cual fue puesta a disposición de los interesados producto de la generosidad de los comuneros a raíz del rescate documental que realizó el Archivo del Instituto Cultural de Aguascalientes en 2022.

El fondo está formado por dos secciones, la documental y la mapoteca; En la primera podremos encontrar información que se remite a 1800, cuando el entonces Pueblo de Indios de Jesús María hizo el denuncio de unas tierras realengas al Pueblo de San José de la Isla (hoy parte del estado de Zacatecas) y la Hacienda de San Blas del Pabellón (hoy Municipio de San José de Gracia) dando pie a que el Monte Grande de Sierra Fría fuera reconocido como propiedad de los indígenas de dicho lugar, explotandola desde entonces para la producción de leña y carbón vegetal, pasando por la documentación de los conflictos por la permenecia de la misma con las Leyes de Reforma y los repartos agrarios de la pos-revolución hasta nuestros días.

Por su parte, en la mapoteca, contamos con un plano de la autoría de Isidoro Epstein, el cual fue confeccionado en el contexto de la implementación de la La Ley de Desamortización de Fincas Rústicas y Urbanas Propiedad de Corporaciones Civiles y Eclesiásticas de 25 de junio de 1856, mejor conocida como Ley Lerdo, el cual da testimonio de la lucha de los indigenas de Jesús María por mantener sus bienes comunitarios intactos antes lo embates de la modernidad.

El Fondo Carlos Contreras de Oteyza está conformado principalmente por prácticamente el trabajo fotográfico de toda su vida como fotógrafo, por lo que en su mayoría se conforma de fotografías en diferentes soportes además de una selección de objetos y libros.
La fototeca está compuesta por una selección de fotografías familiares de su ascendencia Oteyza, así como el vasto registro fotográfico del trabajo del maestro Contreras que abarca desde la fotografía artística, documental, oficial y de registro artístico; La biblioteca está conformada por títulos enfocados en el arte y la fotografía; Finalmente lo sección de objetos resguarda las cámaras y enseres fotografías utilizados por el maestro en su cotidianidad.

Fondo personal del escritor aguascalentense. Cuenta con 3 principales secciones: la Documental, Fotográfica y Hemeroteca conformadas por un total de 278 legajos, con un aproximado de 3,400 documentos.
La documental está compuesta por una vasta colección de correspondencia, dentro de la que se destacan cartas remitidas de escritores mexicanos y de otras nacionalidades como Efraín Huerta, Rodolfo Usigli, Jaime Torres Bodet, Mariano Azuela, Martín Luis Guzmán, Alfonso Reyes, por mencionar algunos; con quienes entabló lazos de amistad. Asimismo, se encuentran borradores de sus relatos, críticas literarias publicadas en prensa, una amplia colección de postales, algunas con dedicatorias de sus amigos, invitaciones a eventos culturales y académicos, así como documentación de instituciones de las que fue parte como el Seminario de Cultura Mexicana, la Asociación de Escritores de México, la Academia Mexicana de la Lengua.
La temática de la colección fotográfica gira en torno a obras artísticas como esculturas, detalles arquitectónicos, pinturas, además de algunas de paisajes naturales de México y otras más de eventos a los que asistió Antonio Acevedo Escobedo con colegas y amigos. Por último, la sección de hemeroteca posee una colección de periódicos

El Fondo Alejandro Topete del Valle está conformado por documentación fechada entre los años de 1640 a 1999, la cual fue reunida por el profesor Alejandro Topete a lo largo de su vida con el objetivo de confeccionar trabajos de corte histórico, por lo que revestido de una importancia muy particular para comprender el desarrollo histórico de Aguascalientes y su región de influencia. El fondo está dividido en secciones como la documental, hemeroteca y fototeca.

La sección documental abarca el periodo más amplio, ya que en ella podemos encontrar información que se remonta al siglo XVII, en dónde se puede tener acceso a testimonios que hablan desde los primeros años de la entonces Villa de Aguascalientes –hoy cabecera del estado- hasta información de la vida cultural aguascalentense en la década de 1990. Cuenta con un aproximado de 8,000 documentos.

La hemeroteca está conformada por una colección de aproximadamente 6,000 de publicaciones periódicas reunidas por el profesor Topete del Valle con el objetivo que confeccionar una historia de la prensa en Aguascalientes, en su mayoría son ejemplares que abarcan prácticamente todos los ámbitos periodísticos del siglo XX así como una no menos importante colección de ejemplares de la segunda mitad del siglo XIX.

Finalmente la fototeca, con un aproximado de 8184 de piezas, contiene una importante selección de fotografías de personajes relevantes para la historia local, así como de eventos políticos y sociales relacionados a la trayectoria intelectual y política de Topete del Valle además de algunas relativas a la vida personal del mismo. Esta sección abarca de la segunda mitad del siglo XIX hasta la década de 1990.